Die Reputation von wissenschaftlichen Publikationsorganen hängt grundsätzlich nicht von ihrem Verbreitungsweg ab. Das wichtigste Kriterium ist aus unserer Sicht die Qualitätssicherung. Die wissenschaftliche Qualität der veröffentlichten Beiträge muss in einem Verfahren überprüft werden, das aktuellen wissenschaftlichen Standards entspricht (z.B. Peer Review). Open-Access-Zeitschriften sind wie andere Zeitschriften auch gefordert, über die Formen der Qualitätssicherung zu informieren und ein Verfahren zu gewährleisten, das die Qualitätssicherung transparent macht.
Der Journal Impact Factor (JIF) ist ein bekannter Orientierungspunkt für das wissenschaftliche Renommee von Zeitschriften. Er gibt Auskunft darüber, wie oft Artikel einer Zeitschrift in anderen Publikationen zitiert werden. Dieses Bewertungskriterium wird in der Scientific Community sehr kritisch betrachtet. Ein Kritikpunkt ist, dass große Disziplinen Vorteile gegenüber kleinen Disziplinen haben, unabhängig von der wissenschaftlichen Qualität der Beiträge. Aus diesem Grund wird der JIF häufig nicht mehr als Maßstab herangezogen. Open-Access-Beiträge werden Studien zufolge im Schnitt häufiger zitiert als nicht frei zugängliche Publikationen (Ottaviani 2016). Es ist davon auszugehen, dass sich dies mittelfristig auch auf den JIF auswirkt.